办理个人国有土地使用权证的程序为：首先由个人向土地管理部门提出申请并需要提交相关的材料，土地管理和监督部门需要进行实地勘察和土地权属确认等审核工作，审核通过后即颁发土地使用权证书。
【法律依据】
《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五条单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级以上登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，国家机关使用的国有土地的登记发证，由土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由土地行政主管部门会同机关事务管理局等有关部门制定。未确定使用权的国有土地，由县级以上登记造册，负责保护管理。